O Juazeiro Social Clube surgiu da fusão entre oito times amadores que disputavam a Liga de Futebol local (América, Barro Vermelho, Carranca, Colonial, Grêmio, Olaria, XV de Novembro e Veneza). Em 1996, conquistou seu primeiro título, o da Segunda Divisão baiana. Na estreia na elite do futebol baiano, terminou em um satisfatório terceiro lugar.

Em 2000, disputou o Módulo Verde da Copa João Havelange, terminando na vice-liderança do Grupo B (atrás do Corinthians Alagoano). Na segunda fase, terminou como líder do Grupo 1, superando a Tuna Luso. O Juazeiro flertou com o acesso à Série B até a última rodada, disputando a vaga na final com o Uberlândia, sendo que os dois clubes terminariam empatados em vitórias, empates, derrotas e pontos ganhos. Mas a equipe mineira levou vantagem no saldo de gols (10 marcados e seis sofridos, saldo de 4), enquanto os baianos marcariam seis gols, levando quatro (saldo de 2). Durante a campanha, o Tricolor do Norte revelou o goleiro Tiago Cardoso, atualmente no Santa Cruz.

Em 2001, após uma gradativa evolução, o Juazeiro, sob o comando do técnico Élcio "Sapatão" Nogueira, conquista o vice-campeonato baiano de futebol daquele ano, tendo sido derrotado na final pelo Bahia.

Entre 2003 a 2007, o clube atravessou um período de grande irregularidade, principalmente por causa de graves dificuldades financeiras que prejudicaram o projeto do time de ser a terceira força do futebol baiano


Titulos
Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 1996 - 2010 Torneio do Interior: 2003