Sagrou-se campeão do Campeonato Baiano da Segunda Divisão em 1989, até então seu único títulon na edição de 2012 foi novamente promovido à primeira divisão do estadual desta vez com o vice campeonato.

Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 1989

Jacuipense fez história brasilerão Série D depois de empatar o jogo de ida das quartas de final do brasileirão série D contra o Floresta (CE) por 2 a 2 o time da região sisaleira venceu os cearenses por 1 a 0 e conquistaram o acesso à série C nacional pela primeira vez na história.

Em 2014 participou pela primeira vez de um torneio nacional a Série D Leão do Sisal quase se classificou para a Série C 2015 mas foi eliminado nas quartas de final pelo Confiança.

Em 2015 pela primeira vez a equipe de Riachão se classificou para disputar a Copa do Brasil Logo em sua primeira participação no torneio o Jacuipense fez história e passou da 1ª fase, ao eliminar o Paraná nos pênaltis.

Escalação por torcedores

O time chamou a atenção da mídia quando tornou a notícia oficial no início de 2014, inovando sobre a escalação do time nos jogos, os torcedores poderia fazer a própria escalação pelo aplicativo "Total Choice", que podia ser acessado na internet ou pelo tablet ou smartphone. Os atletas mais votados ao final de um determinado prazo entravam em campo. Por meio do programa/aplicativo qualquer interessado em 'jogar' o Total Choice se cadastrava e escalava a equipe do Jacuipense a partir dos verdadeiros atletas disponíveis no plantel do time. Nas duas primeiras rodadas do Campeonato Baiano, esta escalação foi computada apenas para pontuação no game em si, mas, depois, os jogadores que receberam mais 'votos' dos técnicos virtuais realmente entravam em campo. O time também optou pelo método no série D de 2014