A história do Jacobina Esporte Clube é uma das mais curtas da história do futebol baiano. O clube fundado em 1993, filiou-se a Federação Bahiana de Futebol e entrou em campo pela primeira vez em 1993 na disputa da Copa Interclubes, competição que dava duas vagas na 1ª Divisão de 1994. Treinado por Sérgio Oliveira o Jacobina estreou com vitória por 2 a 0 contra o Conquista Futebol Clube, na sequência nova vitória, novamente por 2 a 0, contra o River Ilheense Esporte Clube em Ilhéus, na terceira rodada a terceira vitória, 3 a 1 contra a Associação Atlética Sisal Bonfinense, na quarta rodada derrota em casa para o River Ilheense Esporte Clube por 1 a 0, na quinta rodada o empate como visitante contra a Associação Atlética Sisal Bonfinense em 0 a 0 selou o acesso do Jacobina, na última rodada venceu como visitante o Conquista Futebol Clube por 2 a 1 e garantiu o título.

No segundo ano de sua história o Jacobina Esporte Clube fez uma fraca campanha na 1ª Divisão, apesar da boa estreia (0 a 0 como visitante contra o Esporte Clube Poções) o time somou apenas 14 pontos em 20 jogos com cinco vitórias, quatro empates e 11 derrotas, marcou 15 gols e sofreu 24. Além disso não enfrentou o Esporte Clube Bahia ou o Esporte Clube Vitória, pois fez parte do Grupo B que tinha apenas times do interior. Foi o lanterna da competição e assim rebaixado para a Campeonato Baiano da Segunda Divisão, após isto abandonou provisoriamente o futebol profissional. Toda a 1ª passagem do clube pelo futebol profissional não chegou a totalizar um ano de duração.

Em 2014 retorna, disputando a Segunda Divisão do Baiano pela segunda vez na sua história. Foi vice-campeão, ficando atrás apenas do Colo Colo de Futebol e Regatas (Campeão Baiano de 2006), conquistando assim uma vaga no Campeonato Baiano de Futebol de 2015. Atualmente é conhecido como o "jegue da chapada".