O Itabuna foi fundado no dia 23 de maio de 1967, oriundo do “Itabuna Futebol Clube” fundado em 3 de maio de 1929, da categoria amadora, sendo os seus estatutos modificados, para atender a categoria profissional, onde o Itabuna Esporte Clube ingressaria, sendo as suas cores amarelo e preto, modificadas para o azul e branco, em homenagem à seleção amadora de Itabuna, octacampeã baiana da categoria.

O seu quadro de atletas profissionais foi formado pelos integrantes da seleção Octa Campeã, para iniciar a sua participação no campeonato baiano de profissionais, no mesmo ano de 1967.

Foram seus diversos presidentes: Zelito Brandão Fontes, Francisco Rebouças, Gabriel Nunes, Roberto Brito (Bob), Clodoaldo Reis, Paulo Fernando Nunes da Cruz, João Xavier de Oliveira Filho, Sandoval Benevides, Hemetério Moreira, Charles Henri, José Rodrigues de Lima e Ricardo Dantas Xavier.

No ano de 1970, sob a presidência de Gabriel Nunes, o Itabuna foi vice-campeão baiano numa brilhante campanha. Poderia ter sido campeão, não fosse a parcialidade do Sr. Cícero Bahia Dantas, então interventor da Federação Baiana, que, após o Itabuna haver empatado com o Bahia, na Capital, resolveu suspender o campeonato, sob a infantil alegação de que o Bahia ia disputar a Copa Brasil. Nesse ínterim, enquanto o Bahia enfrentava as melhores equipes nacionais o Itabuna para não ficar parado, enfrentava equipes interiores sem expressão.

Na disputa final, o Itabuna foi derrotado e o Bahia sagrou-se campeão baiano. Uma particularidade que não passou despercebida: O Sr. Cícero Bahia Dantas foi quase que eternamente Chefe do Departamento Jurídico do Bahia.

A sua atual sede foi resultado de uma arrematação em Juízo (da Sede do Itabuna Clube, que estava sendo construída no Alto dos Eucaliptos) pelo Diretor Ottoni Silva com o respaldo financeiro da Ceplac.

Voltou à primeira divisão do futebol baiano em 2002 após vencer a final da 2ª Divisão contra o Jacuipense diante de 24 mil torcedores no Luiz Viana Filho. Após isso, tem alternado boas e más participações nos campeonatos em que participou. Em 2003, chegou às semifinais, sendo eliminado pelo Vitória, num disputado confronto de duas partidas, apesar de ter perdido em Itabuna por 1X0 e em Salvador por 2X0.

No ano seguinte, 2004, classificou-se em primeiro lugar no seu grupo, mas acabou sendo eliminado pela modesta equipe do Poções, após sofrer uma inesperada derrota dentro de seu estádio. No Campeonato do interior deste mesmo ano, que valia vaga para a Terceira divisão do Campeonato Nacional, chegou as semifinais, sendo eliminada pela forte equipe da Catuense.

Em 2005, foi eliminado na primeira fase, porém no Campeonato do Interior, classificou-se em primeiro no seu grupo, sendo eliminado nas quartas de final pelo time B do Bahia, após sofrer uma derrota em casa nos últimos minutos do jogo.

No ano de 2006 o Campeonato Baiano foi disputado em dois turnos, pois o Bahia e o Vitória disputariam neste ano a Série C do Campeonato Brasileiro. Em ambos os turnos a equipe do Itabuna foi eliminado na fase de Quartas-de-finais, no 1º turno o carrasco do azulino o Ipitanga e no 2º turno foi a vez do Bahia eliminar o Itabuna.

Em 2007 o Campeonato Baiano foi disputado em um sistema de todos-contra-todos em ida-e-volta classificando-se os quatro primeiros colocados para um quadrangular que decidiria o campeão, o Itabuna fez uma péssima campanha ficando na 9ª Colocação.

Já em 2008 foi o ano do volta do Itabuna a ser protagonista, no Campeonato Baiano - que foi disputado nos mesmos moldes do ano anterior - teve um início irregular, quando chegou a ocupar a 9ª Colocação, mas com a chegado do Técnico Ferreira, a equipe conseguiu uma arrancada espetacular, alcançando a classificação para o Quadrangular Final com uma rodada de antecedência. No Quadrangular a equipe iniciou com 3 derrotas, obteve 2 vitórias consecutivas, chegando a última rodada sonhando com o tão almejado título, mas no confronto final contra o Vitória no Estádio do Barradão a equipe não se encontrou no 2º Tempo levando uma goleado por 5 a 1, finalizando o Campeonato Baiano na 4ª Colocação. Posição esta, que o garantiu disputar a Série C Campeonato Brasileiro neste mesmo ano, encerrando um jejum de disputas nacionais desde 1984, quando disputou a Taça de Prata (2ª Divisão do Campeonato Brasileiro).