O Fluminense foi fundado no dia 1 de janeiro de 1941, por um grupo de jovens feirenses que eram torcedores do Fluminense do Rio de Janeiro mantendo as cores do homônimo carioca.

Foi campeão amador em 1947, 1949, 1950 e 1953, profissionalizando-se em 1954, quando aconteceu o primeiro grande passo na história do clube. Convidado pela Federação Bahiana de Futebol, o Fluminense de Feira se tornou profissional e, em 6 de junho do mesmo ano, empatou com o Vitória no Estádio da Fonte Nova por 1–1 em sua estreia. O gol da equipe foi marcado por Alfredo. Este clube foi o primeiro do interior a disputar o Campeonato Baiano de Futebol e, com apenas dois anos no futebol profissional, em 1956, conquistou seu primeiro vice-campeonato baiano.

No ano de 1963, se tornaria, pela primeira vez, Campeão Baiano de futebol, conquistando o título em cima do Bahia. Essa história seria novamente escrita em 1969, contra o mesmo Bahia. Esse seria o último título do Touro do Sertão, e de um time interiorano no torneio. Somente em 2006, o Colo-Colo quebraria o tabu de quase 40 anos sem que um clube do interior do estado vencesse o certame. Em 1998 e 2009, conquistou a Taça Estado da Bahia (atual Copa Governador do Estado da Bahia), que garantia uma vaga na Série D do Campeonato Brasileiro. Ganhou também a Copa SERBA em 2006, disputado apenas entre clubes dos estados da Bahia (exceto a dupla Ba-Vi) e Sergipe.

O Touro chegou a ser vice-campeão baiano em seis oportunidades, nos anos de 1956, 1968, 1971, 1990, 1991 e 2002. Em 1991 e 2002, ganhou vaga na Copa do Brasil de Futebol com o vice-campeonato.

Nos tempos atuais, participou em 2010 da Série D nacional, pela segunda vez consecutiva, representando a Bahia.

No dia 28 de novembro de 2015, o Touro do Sertão sagrou-se campeão da Copa Governador do Estado, vencendo a Juazeirense pelo placar de 1–0, na Arena Fonte Nova, mesmo resultado do primeiro jogo da finalíssima, quando derrotou a equipe do norte do estado em Riachão do Jacuípe.

Campeonato Brasileiro – Taça Brasil, Séries A, B, C e D e Copa do Brasil

Com o título do Campeonato Baiano de Futebol de 1963, ganhou o direito de disputar Taça Brasil de 1964, sua primeira e única participação no Campeonato Brasileiro da época. O Touro foi eliminado pelo Ceará, nas quartas-de-final do torneio.

O Touro do Sertão participou em três ocasiões do Campeonato Brasileiro de Futebol da 1ª divisão: 1976, 1977 e 1979.

Na Série B do Campeonato Brasileiro, disputou por 6 vezes, nos anos de: 1972, 1983, 1986, 1988, 1989 e 1991.

Pela Série D do Campeonato Brasileiro, participou em 4 oportunidades (2009, 2010 e 2016). Em 2016 e 2017 foi sua melhor campanha no torneio, chegando às quartas-de-finais, sendo eliminado pelo Volta Redonda, juazeirense.

Participou da Copa do Brasil em duas oportunidades (1991 e 2003), sendo que em 1991, conseguiu avançar até as oitavas-de-final, quando foi eliminado pelo Grêmio após duas derrotadas nas duas partidas contra o time gaúcho.

Vice-campeonato Brasileiro da Série C em 1992


O ano de 1992 ficou marcado na história do Touro, que ficou perto de conquistar o primeiro título nacional. Depois de eliminar times como ASA, Sergipe, Catuense, Matsubara e Rio Pardo, o Touro chegou à final contra a Tuna Luso. Venceu o primeiro jogo por 2–0 no Joia da Princesa, e perdeu o segundo por 3–1, em Belém. A Tuna Luso jogava por dois resultados iguais, por ter feito melhor campanha durante o campeonato.

Titulos
Campeonato Baiano: 1963 - 1969 Taça Estado da Bahia: 1998 Copa Governador do Estado: 2009 - 2015Campeonato Baiano Amador:1947- 1949-1950-1953-1957-1968-1988 Campeonato Baiano de Aspirantes:1960-1961