Disputou pela primeira vez o 
Campeonato Baiano da Segunda Divisão em 1990 sem obter sucesso, retornou aos campos em 1994 quando conquistou o vice-campeonato perdendo a final para o Conquista Futebol Clube, mesmo assim conseguiu o acesso para a 1ª Divisão, à qual disputou até 1998 quando foi rebaixado. Deste então o clube nunca mais retornou ao profissionalismo apesar de fracassadas tentativas de inscrever o clube nos anos de 2002, 2003, 2007, 2009 e 2010.

 lembra a excelente campanha do Eunápolis Esporte Clube, que Disputou  o Campeonato Baiano da Segunda Divisão em 1994 conquistando  o vice-campeonato baiano daquele ano, fazendo a final em seus domínios no estádio Itamarzão lotado, com o Conquista  Futebol Clube. Na primeira partida da final, Conquista  3 Eunápolis 1, já na segunda partida, o time do Eunápolis precisava só vencer por qualquer placar pra conquista o título, já que, o Tigrão tinha a melhor campanha do certame, com 21 pontos contra 18 do Conquista. Mas não saiu do empate em seus domínios, perdendo a  chance de ganhar o título.  Mas mesmo assim garantiu o acesso para a 1ª Divisão, à qual disputou até 1998 quando foi rebaixado.

O Time do Eunápolis que enfrentou o Conquista  Futebol Clube naquela final foi:

Ado (goleiro) Nazaré (Carlinhos) Aguinoel, Normando e Cafú;  Cosme, Rocha e Gilton; Alexandre, Dadico e Rubem (Nei) Técnico Soares Barbosa (Bico de Pato)

Conquista  Futebol Clube:  Ivo, Denilson, Issa, Djalma e Camilo; Dequinha (Jorginho) Lima e Herbert; Pena, Kel e Hélber. Técnico Elias Borges

Alguns jogadores do Eunápolis daquela época:

Marcelo Jorge – Goleiro Ado (in memorian) – Dadico- Aguinoel – Soares Barbosa  (Bico de Pato) Treinador.