O Alvi Negro Santoamarense surgiu ápos uma reunião entre amigos, no prédio, na rua do Amparo, em frente ao clássico bar de Tote Lima.
                                                                                            

A fundação e criação do clube deve-se aos Srs. Renato Aragão, Arlindo Souza, Antônio da Costa Ribeiro, Vidal Oliveira, Bonifácil Moura, Pnéu que estiveram reunidos, precisamente 19 de dezembro de 1928. Na segunda reunião essa comissão de criação havia crescido todos juntos fundaram e consolidaram a criação do clube. Essa criação era composta por desportistas que acreditavam no trabalho dinâmico de indicadores e formadores da ideia. Nomes como Zezinho Veloso, Jonatas Enéas do Carmo, Francisco Pinto,Joaquim Alavares de Almeida, Dionisio Souza, Vivaldo Costa, Antônio Pimentel, entre outros foram de grande importância para o surgimento e sustentação do clube. Antônio da Costa Ribeiro.

Participações do Campeonato Baiano Série A: 1982.

Titulos
Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 1981

Segundo nosso amigo Vidú Barbosa, funcionário da Prefeitura Municipal, as cores preta e branca foram oriundas do Comercial, que se extinguira, afim que se mantivesse sempre a rivalidade com os rubro negros existentes. O Botafogo para usar a estrela solitária em sua camisa e no padrão fez um oficio ao Botafogo de Regatas (Rio de Janeiro) pedindo permissão. No registrar das andanças do Botafogo nos esclarece o Alvinegro Antenor Lídio com muita ênfase e orgulho, no segundo quadro de 1938, que se tornou campeão invicto, quando esses quadros eram de vital importância para o futebol interiorano, e atuou na sua maior parte com Edigio Borges Tavares, Vavá de Tranquilino, Dionizio Souza, Zeca Almeida, Anibal e Roberto, Vinte e um, Riachuelo, Aurinho, Cachimbinha e Antenor.

Em 1946, o Botafogo foi campeão invicto e teve na sua diretoria nomes como Jonata Enéas, José Mutti, Dtr. Raul Melo, Eduardo pé de Boi, entre outros.

Em 1954, o Botafogo adquiriu seu terreno para a construção da sua sede na Av. Ferreira Bandeira, no valor de 24.000 cruzeiros, nesta mesma época comprou-se também o terreno para a o campo do clube no valor de 8.000 cruzeiros.

O Botafogo é um time de muitos títulos em Santo Amaro, tem maior número de campeonatos. Todavia não conseguimos levantar todos, na maioria por falta de registros, mas mesmo assim vamos registrar alguns como: Campeão de 1946, 1947, 1948, Bicampeão de 1950, 1951, Vice-campeão invicto de 1953, campeão de 1954, 1958, 1965, 1966 e 1976.

Em 1981, o Botafogo conquistou o título de campeão Baiano de Profissionais da 2º divisão.

Em 1990, foi o ano que o Botafogo participou do seu último acesso ao campeonato Baiano de profissionais.

Passaram pela Presidência do Clube nomes como: Gaspar Correia da Silva, Jonatas Enéas do Carmo, Osvaldo da Silva Dórea, Arionte Lopes, Clodomir Lopes, Vicente Lago, Arlindo Souza, Dtr. Raul Melo, Joaquim Almeida, Fernando Monteiro, Milton Mutti, Wilson Lago, Edigío Borges, Gilvandro Araújo, Antônio Ramos Rocha, entre outros grandes nomes. Hoje contamos com a força jovem do Presidente Luiz Antonio da Silva Pereira e uma grande comissão.

Os atletas que defenderam o Botafogo, exite uma verdadeira plêiade de craques, pois todos queriam atuar no clube das duas cores, não só pela organização, mas também pelo calor humano dos diretores e da sua grande torcida. Enumeramos alguns que conseguimos levantar como: Egidío Borges Tavares, Vavá de Tranquilino, Dionisio Souza, Zeca Almeida, Anibal, Robério, Vinte e um, Riachuelo, Aurinho, Cachimbinha, Antenor Lídio, entre outros.