A primeira participação do Sisal Bonfinense foi no Campeonato Baiano da Segunda Divisão de 1993, em seguida disputou a Copa Interclubes no mesmo ano, competição que dava duas vagas na Primeira Divisão de 1994, onde realizou campanha fraca obtendo apenas uma vitória Em 1994 fez boa campanha na Primeira Fase obtendo o segundo lugar entre sete clubes, porém na semifinal foi derrotado pelo Conquista Futebol Clube após derrota por 5 a 1 e empate em 0 a 0 em casa, assim o sonho do acesso foi adiado.


Em 1995 o time novamente chegou a semifinal e novamente foi goleado: derrota por 7 a 0 para a Associação Atlética São Francisco que levou a vaga na final e o acesso. Em 1996 o clube paralisou suas atividades retornando apenas em 2000 quando obteve o quarto lugar entre cinco clubes no Torneio Seletivo para a Segunda Divisão em 2001 disputou a Taça Estado da Bahia obtendo um modesto oitavo lugar entre nove participantes Desde então não mais disputou nenhuma competição da FBF.