O Aliança Esporte Clube de Irecê estreou no profissionalismo na 2ª Divisão do Campeonato Baiano de 1997, na sua primeira partida derrotou o Astro pelo placar de 3 a 0 no Estádio Joviniano Dourado em Irecê. Ao final do primeiro turno encerrou sua participação na 2ª colocação atrás apenas do Camaçari, repetiu essa campanha no segundo turno novamente tornando-se vice-campeão atrás do Camaçari, como o Camaçari venceu ambos os turnos sagrou-se campeão por antecipação e levou a única vaga na 1ª Divisão. O Aliança foi vice-campeão seguido por Jacuipense, Astro e Teixeira de Freitas.

Em 1998 fez sua segunda e última participação na 2ª Divisão, com nove clubes na disputa o Aliança novamente estreou contra o Astro, desta vez em Feira de Santana, porém mais uma vez saiu de campo vencedor, ao final da 1ª fase encerrou sua participação na 4ª colocação conseguindo vaga nas semi-finais. Na Semi-Final o Aliança foi derrotado pelo Cruzeiro, que viria a ser campeão contra o Atlético de Alagoinhas, e foi eliminado, mais uma vez perdeu por pouco o acesso a elite baiana.

Passado o ano de 1998 o Aliança pediu licença para nunca mais retornar, em 2001 ensaiou um retorno, mas não conseguiu reunir condições e desde então apenas disputa campeonatos regionais com suas divisões de base. Sua participação no profissionalismo foi tão relâmpago quanto a do sua vizinho mais próximo, o Jacobina Esporte Clube, porém sem conseguir ascender a 1ª Divisão.